Еще один очаг производящего хозяйства сложился в III  тысячелетии до н. э. в  афанасьевская культура, получившая название по могильнику на берегу Енисея. Известно много афанасьевскихмогильников III тысячелетия до н. э. в верховьях Енисея, Хакасско-Минусинской котловине: у с. Тесь, Сыда, Карасук III, Черновая VI и др. Несколько афанасьевских могильников и поселений известно на Алтае —Усть-Кокса, Усть-Куюм. Афанасьевские родовые кладбища состоят из кольцевидных  каменных оградок. В центре ограды одна-две прямоугольные грунтовые ямы. Они устраивались на равнинах недалеко от реки. Известны как  одиночные, так и групповые погребения. Скелеты лежат в скорченном положении, преимущественно на боку или на спине. Детей хоронили обычно отдельно. В могилах в ногах или у головы погребенного ставили глиняные сосуды, клали куски мяса домашних или диких животных, орудия труда, одежду украшали нашивками и амулетами из костей и клыков животных. Во время похорон устраивался поминальный костер, приносились жертвы. Основной инвентарь афанасьевских погребений — это глиняные сосуды яйцевидной и шаровидной формы с выпуклым и острым дном, покрытые орнаментом в виде елочки или зигзагов. Орудий труда в могилах мало. Это каменные песты, терочки, поделки из рога и кости, наконечники стрел, вклады-шевые ножи, грузила. В качестве украшений широко использовались зубы животных, раковины, кость и даже чешуя рыбы. Встречаются немногочисленные металлические  предметы—самые ранние на этой территории. Это небольшие медные ножи,  проволочные колечки, медные кинжалы и игольники в виде трубочек, серьги, браслеты, подвески. Афанасьевские поселения изучены плохо. Одно из них  располагается у горы Тепсей на берегу Енисея. Собранная там керамика  аналогична полученной из могильников. Хозяйство населения афанасьевской культуры характеризуется  двумя чертами: развитием скотоводства и началом металлургии меди. В афанасьевских могилах найдены кости овцы, домашнего быка и  лошади. Сохранялась охота, рыбная ловля и собирательство. Афанасьевцыпринадлежали к европейской расе. До афанасьевской культуры в Сибири не наблюдалось признаков  животноводства, а в афанасьевской культуре оно появляется сразу в развитой форме.
К энеолитической эпохе мы относим еще одну очень яркую и своеобразную культуру Южной Сибири—окуневскую. Окуневская культура изучена по раскопанным могильникам Черновая VIII, Сыда, Малые Копены III, Окунев Улус, Тас-Хазая и другим, по каменным изваяниям и писаницам. Могильники состоят из каменных оград квадратной формы. Внутри ограды располагалось по нескольку могил — каменных ящиков, покрытых сверху каменными плитами. Хоронили на спине с согнутыми ногами. Инвентаря в могилах немного, в основном это глиняные сосуды двух типов: банки с расходящимися кверху прямыми стенками и широким плоским дном и горшки со слегка суживающейся горловиной. Сосуды украшены оттисками зубчатого штампа или палочки. В могилах кроме керамики имеются медные ножи и шилья, трубчатые игольники с костяными иглами, вкладыше-вые на костяной основе ножи, иглы для вязания сетей, роговые гарпуны, украшения из зубов животных; каменные топоры с  расширенным лезвием, листовидные наконечники стрел и копий и каменные шары. Окуневцы были скотоводами, разводили овец,  крупный рогатый скот, лошадей, что подтверждают многочисленные  находки костей в погребениях, в культовых ямах на поселениях. Окуневцам были известны двух- и четырехколесные повозки. Вместе с тем значительное место в хозяйстве занимала охота на диких  животных и рыболовство. Уникальными археологическими памятниками являются окуневские плиты с нанесенными на них изображениями. Они раскрывают туры, их культовые представления.. На одной из плит нарисован огромный полосатый зверь с оскаленной пастью, длинным хвостом и птичьими ногами. Личины и быки изображены на петроглифах оку-невского времени. Однако наибольший интерес представляют стелы с фантастическими изображениями, передающими в виде расчлененной личины трехъярусную структуру мира (верхний, средний и нижний слои). На стелах имеется солярная символика в виде лучей солнца, кругов — так называемых глаз. Связанные с могильниками стелы были символами плодородия, они являлись центральными атрибутами окуневских природных святилищ древних скотоводов и земледельцев приенисейских котловин. Генетически окуневская культура не связана с афанасьевской, и ее население относилось к другому антропологическому типу (с  некоторой монголоидной примесью). Однако в ряде случаев между этими культурами прослеживается сходство в керамике и обряде погребения, правда, только частичное. Окуневская культура возникла на местной неолитической основе и имела некоторые общие черты с другими культурами лесной зоны Сибири.